ゲーム本編は、物語のメインとなるアドベンチャーパートと、図書館内を移動できるマップ移動画面に大きく分かれます。それぞれのパートで、住人たちとの会話を楽しんだり、図書館の管理人としての仕事をしながら、物語は進みます。
主に物語が大きく動くこととなる本編のアドベンチャーパートは、いくつかのchapterに分かれおり、各住人たちとの豊富なやりとりが用意されています。
共通ルートは、クローバー図書館の管理人となった主人公と、図書館の住人たちとのちょっと不思議で賑やかな生活や、さまざまな出来事を経て展開していきます。共通ルートでの主人公の行動、主に選んだ選択肢によって左右される、２つの要素（好感度と司書力）の変化によって、その後の物語が各ルートへと分岐します。
ゲーム中、ある程度物語が進むと、図書館内を自由に移動できるマップ移動画面が出現します。
クローバー図書館の各場所に出現するアイコンを目安に、住人たちとの仲を深めるもよし、図書館の管理人として仕事に励むもよし。是非図書館内を遊び尽くしてみてください。アイコンがない場所にもちょっとしたイベントがあるかも……？住人たちの意外な一面や、普段の生活を垣間見ることができるかもしれません。
攻略対象である、一樹・柊・葵には、主人公に対する“好感度”が設定されています。住人たちとのやりとりを通じて変化する“好感度”は、この物語の行く末を左右する要素のひとつです。
そしてもうひとつの要素が“司書力”です。図書館の管理人として、本を扱う仕事に就いた人間として、適切な行動をとることで上がっていきます。
